K fundacím samotného Karla IV. patří klášter benediktinů se slovanskou liturgií, zvaný Emauzy, na území Nového Města pražského. Souhlas k založení kláštera seslovanskou liturgií udělil papež Klement VI. listinou vystavenou pro pražského arcibiskupa dne 9. května 1346. Zakládací listinu pro emauzský klášter vydal Karel IV. 21. listopadu 1347 v Norimberku. Karlovu fundaci potvrdil pražský arcibiskup Arnošt z Pardubic v listině ze 14. prosince 1348, v níž byl převzat souhlas papeže Klementa. Odtud víme, že na Karlovu žádost papež povolil, aby v Českém království mohly být slouženy slovanské bohoslužby na jednom místě.
Podle kroniky Františka Pražského sem přišli „z chorvatských krajin mniši Slované černého řádu“. Opat a bratři tohoto kláštera měli sloužit bohoslužby ve slovanském jazyce ke „cti a památce přeslavného vyznavače svatého Jeronýma, stridonského znamenitého doktora a výtečného překladatele Písma svatého z hebrejského jazyka do latinského a slovanského, z něhož zajisté slovanská řeč našeho Českého království původně vzala počátek a vzešla“. Klášter byl zasvěcen ke cti „Boha a jeho matky, nejsvětější Panny Marie, a k slávě a cti svatých Jeronýma, Cyrila, Metoděje, Vojtěcha a Prokopa, patronů Českého království, mučedníků a vyznavačů“.
Už původ konventuálů, slovanská liturgie pěstovaná v emauzském klášteře, stejně tak jako výběr světců, jimž byl zasvěcen, naznačují, že svou orientací měl emauzský klášter patrně přispět k prohloubení styků Prahy se slovanskými zeměmi na východě a asi i k myšlence opětného sjednocení západní a východní církve. Do duchovního poslání nového kláštera byly vloženy i určité ambice povahy politické. Fundace Emauz tak dobře zapadala do imperiálně-univerzalistického směřování Karlova panovnického díla.
Jinak vcelku strohé stavbě klášterního kostela v Emauzích dodávala vladařský akcent výzdoba sedilií v presbytáři. Výzdobný motiv lichých kružeb tu doplňují dvě znaková pole s heraldickým znamením říšského dvouhlavého orla a českého dvouocasého lva. Konečně znaky zemí, nad nimiž Karel IV. vládl, byly provedeny i na klenbách kostela – nechybí tu erb s dvouocasým českým lvem a erb s říšskou orlicí. Tímto způsobem tu byl okázale reprezentován velký rozsah lucemburské moci, jak se s tím setkáváme i na jiných dílech z doby Karla IV. – na Staroměstské mostecké věži a na katedrále sv. Víta na Pražském hradě.
Klášterní kostel v Emauzích byl založen jako síňové trojlodí, ukončené na východě trojdílným závěrem. Jižní bok trojlodí, k němuž přiléhá kvadratura, zesílily volné opěrné oblouky. Trojlodní síň v Emauzích působí rozložitým dojmem. Podivuhodně připomíná daleko od Prahy ležící chrám kláštera La Chaise Dieu, který vyrůstal za papeže Klementa VI., jenž si ho zvolil za místo svého pohřbení.
O svěcení klášterního kostela v Emauzích jsme zpraveni kronikou Beneše Krabice z Weitmile. Podle ní v roce 1372 v pondělí po Velikonocích (29. března) „vysvětil ctihodný otec v Kristu pan Jan, arcibiskup svatého Kostela pražského … slovanský klášter řádu sv. Benedikta na Novém Městě pražském, založený řečeným panem císařem, podivuhodným dílem vystavěný a velkolepě nadaný. Tomuto vysvěcení byli přítomni sám pan císař a svrchu jmenovaná knížata“. Císařova přítomnost při svěcení kláštera dokládá, jakou váhu Karel IV. této své fundaci přikládal.
Současně s budováním klášterního kostela začala v Emauzích i výstavba přilehlé kvadratury s křížovou chodbou, která se intaktně zachovala. Ta byla vyzdobena rozsáhlým souborem nástěnných maleb, který patří k nejvýznačnějším malířským dílům doby lucemburské v českých zemích.
Dobroslav LÍBAL: Pražské gotické kostely. Praha 1946, s. 61–64; Viktor KOTRBA: Architektura. In: Jaroslav PEŠINA (ed.): České umění gotické 1350–1420. Praha 1970, s. 95; Vladimír PÍŠA: Kostel sv. Kosmy a Damiána v klášteře Na Slovanech v Praze. In: Z tradic slovanské kultury v Čechách. Sázava a Emauzy v dějinách české kultury. Praha 1975, s. 73–84; Zdeňka HLEDÍKOVÁ: Fundace českých králů ve 14. století. In: Sborník historický 28. Praha 1982, s. 20. (reprint: Zdeňka HLEDÍKOVÁ: Svět české středověké církve. Praha 2010, s. 121–124); Dobroslav LÍBAL: Architektura. In: Emanuel POCHE (red.): Praha středověká (= Čtvero knih o Praze). Praha 1983, s. 232-233; Růžena BAŤKOVÁ (ed.): Umělecké památky Prahy. Nové Město, Vyšehrad, Vinohrady (Praha 1). Praha 1998, s. 134–137; Dobroslav LÍBAL: Katalog gotické architektury v České republice do husitských válek. Praha 2001, s. 387–388; Pavel KALINA / Jiří KOŤÁTKO: Praha 1310–1419. Kapitoly o vrcholné gotice. Praha 2004, s. 121–127; Klára BENEŠOVSKÁ / Kateřina KUBÍNOVÁ (ed.): Emauzy. Benediktinský klášter Na Slovanech v srdci Prahy. Praha 2007; Klára BENEŠOVSKÁ / Kateřina KUBÍNOVÁ: Klášter Na Slovanech – Emauzy. In: František ŠMAHEL / Lenka BOBKOVÁ (ed.): Lucemburkové. Česká koruna uprostřed Evropy. Praha 2012, s. 585–587; Jiří KUTHAN: Benediktinské kláštery střední Evropy a jejich architektura (= Opera Facultatis theologiae catholicae Universitatis Carolinae Pragensis. Historia et historia artium vol. XVIII). Praha 2014, s. 26–297.